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干细胞实验室应至少能够执行六项任务：无菌处理、孵化、制备、清洗、灭菌、存储。
一.无菌操作区
（1）无菌操作区域：无菌操作区域在干细胞实验室中负责细胞培养和其他无菌操作区域，与外界隔离，不能穿行或受其他干扰。
理想的无菌操作室应分为三个部分：
a）更衣室——更换衣服、鞋子，穿戴帽子和面具。
b）缓冲室 -——位于更衣室和手术室之间，以确保手术室内的无菌环境，并放置恒温培养箱和一些必要的小器械。
c）无菌手术室——于无菌处理、细胞培养。房间大小应适当，顶部不宜过高（不超过2.5m），以确保紫外线的有效杀菌 效果；墙壁光滑，方便清洁和消毒。工作台不应靠墙放置。台面要平滑压塑作表面，涂漆成白色或灰色，以便于观 察解剖结构和酚红。
（2）净化工作台：操作简单，安装方便，占用空间小，净化效果好。在一实验室中主要使用的两种的净化工作台：
a）侧流或垂直式
b）外流或水平层流式。
二.孵化区
尽管该区域对无菌的要求并不比无菌区域严格，但它们仍然需要清洁无尘，因此它们也应放置在干扰少的区域。孵育可以在培养箱中或控制温度的温室中进行，相比之下温室是费用较高，通常实验室多采用培养箱孵育。
三.制备区
在该区域中，主要进行培养液，有关培养用液等实验用品的制备。
四.存储区域
主要存放各种冰箱、干燥箱、液氮罐、无菌培养液、培养瓶等，此环境还需要清洁无尘。
五.清洁和消毒区域
清洁和消毒区域应与其他区域分开，主要用于清洁所有细胞培养容器、准备、消毒及三蒸水制造等。
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